根據流行病學，當前貓的重要呼吸道病原如下，部分為人畜共同傳染(Zoonosis)。
病毒類：
嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒2型 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2, COVID 19)
冠狀病毒是具有二十面體對稱性的包膜病毒，直徑約為 80-220 nm，由不分段的單鏈正鏈 RNA 基因組組成，屬於Nidovirales中的冠狀病毒科，可感染多種哺乳動物和鳥類，引起呼吸道和腸道疾病。2019年12月，中國湖北省會武漢市首次發現了導致肺炎和死亡的重症病例。不久之後，病例數量急劇飆升，蔓延到中國和世界各地。該疾病的病原體已被確認為一種新型冠狀病毒/嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒2型 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2, COVID 19)。貓隻因為具有與人類高同源性的受體，對SARS-CoV-2具有高感受性(de Morais et al., 2020)。第一隻SARS-CoV-2陽性貓是在比利時被診斷出，而該貓的主人也在義大利北部旅行後檢測出SAR-CoV-2，這隻貓表現出呼吸道症狀、噁心和腹瀉。治療期間，這隻貓的嘔吐物和糞便中反覆出現大量SARS-CoV-2病毒抗原(McNamara, Richt, and Glickman, 2020)。後續研究表明，貓非常容易受到亞臨床感染 (subclinical infection)，會有長期口腔和鼻腔的病毒脫落 (virus shedding)，並且能夠直接接觸傳播給其他貓，且會產生強大的中和抗體反應，以防止第二次的病毒攻擊並預防再次感染(Bosco-Lauth et al., 2020; Halfmann et al., 2020)。香港在2020年2月11日至8月11日期間對50隻貓進行了採樣，這些貓都來自SARS-CoV-2的家庭或其他密切接觸者，發現了6例健康的貓涉及明顯的人感染貓的案例(Barrs et al., 2020)。在台灣2022-2025年貓隻初步的血清學調查研究發現，於隨機共695貓隻的血清樣本中，陽性率高達31.94% (Goh et al., 2026, unpublished data)。
流行性感冒病毒(Influenza virus)
流感病毒屬於正黏液病毒科，它會造成急性上呼吸道感染，並藉由空氣迅速的傳播，在世界各地常會有週期性的大流行。目前許多文獻研究知道貓科動物容易感染源自其他物種的A型流感病毒 (Influenza A virus, IAV)。2017年1月5日至6日在美國紐約州紐約市一家動物收容所的貓爆發了低致病性禽流感H7N2，在500隻貓中有386隻檢測出A型 H7N2 流感陽性，並迅速蔓延到紐約和賓夕法尼亞州的其他收容所；H7N2病毒甚至也傳播給了一名獸醫。一些研究表明，在 2009 年的人類流感大流行期間，全世界的貓都可能被H1N1 IAV感染，並有觀察到收容所中貓隻的死亡的病例。而高致病性 H5N1 IAV 可能會導致家貓發生嚴重的致命疾病，並可以通過貓與貓的接觸傳播。病毒不僅通過呼吸道排出體外，還會通過糞便排出體外。而低病原性的流感病毒則引起貓隻亞臨床感染，貓會出現打噴嚏以及鼻腔和/或眼部分泌物。在收容所或其他擁擠的貓群中，繼發性細菌感染可能導致肺炎，表現為體溫升高、呼吸急促、呼吸困難、咳嗽、嗜睡與死亡 (Frymus et al., 2021)。在台灣2021-2024年貓隻初步的血清學調查研究發現，於隨機共457貓隻的血清樣本中，陽性率為2.19% (Goh et al., 2026, unpublished data)。
貓皰疹病毒(Feline Herpesvirus-1, FHV-1)
貓皰疹病毒（Feline Herpesvirus-1, FHV-1）是造成貓隻上呼吸道疾病的常見病原，在小貓和多貓居住場所尤為盛行。貓皰疹病毒是有包膜的雙股DNA病毒，喜好在上呼吸道和眼部的黏膜上皮細胞進行複製並脫落而傳播。感染此病毒的貓隻會出現嚴重程度不一的上呼吸道和眼部症狀，包括打噴嚏、動物表現昏睡無力、精神食慾欠佳、流口水、眼鼻有分泌物、結膜炎、發熱、咳嗽等，如果動物同時併發感染其他細菌，則會造成下呼吸道的肺炎。小貓感染則症狀通常比較嚴重。動物恢復後也會成為潛在的病毒帶原者，此時病毒處在潛伏期，在受到外界刺激或自身免疫力低下時，又可能會再次爆發感染症狀(Greene, 2012)。對貓皰疹病毒的治療通常以支持療法為主，可以使用抗病毒藥物於感染貓隻以加強療效(Maggs, 2010)。
貓卡里西病毒(Feline Calicivirus, FCV）
貓卡里西病毒（Feline Calicivirus, FCV）是無包膜的單股RNA病毒，能感染家貓和其他貓科動物，對環境的耐受力比貓皰疹病毒更強，對普通的消毒劑也不敏感。群貓居住場所的貓卡立西病毒的帶原率相比於家貓來說要來得高，並常與貓皰疹病毒同時感染。感染貓卡里西病毒的貓隻通常不會有潛伏期，而是伴隨反復復發的感染症狀，最常見的是口腔潰瘍，此外感染貓咪還會出現打噴嚏、發熱、眼鼻分泌物、結膜炎，並且精神食慾低下，偶發肺炎等。不同卡里西病毒的毒株所產生的症狀嚴重程度也不全然一致(Greene, 2012)。貓卡立西病毒的治療通常也以支持療法為主，並注意預防其他細菌二次感染造成更嚴重的呼吸道疾病。同貓皰疹病毒類似，也有一些抗病毒藥可以使用與感染貓卡里西病毒的動物身上(Cohn, 2011)。針對症狀嚴重的動物，對感染病原進行確診也有非常重要的意義，並為臨床醫師提供更加準確的信息，幫助他們制定更加精確的治療方案。
細菌類：
貓披衣菌(Chlamydia felis)
披衣菌屬於人畜共同傳染病原之一。貓披衣菌是一種革蘭氏陰性菌，好發於眼部、呼吸道、消化道和泌尿道黏膜上，對環境敏感，室溫下通常只能存活幾天。貓披衣菌通常會造成動物顯著的眼睛疾病，例如急性或慢性復發的結膜炎，伴隨球結膜水腫、結膜充血、眼瞼痙攣、甚至出現更加嚴重的眼睛黏性分泌物。在呼吸道來說，貓披衣菌也會造成動物出現打噴嚏和鼻腔分泌物，並可能出現臨床症狀不明顯的肺炎，雖然不如眼睛疾病顯著(Greene, 2012)。Doxycycline為常用的治療抗生素(Gruffydd-Jones et al., 2009)。
貓黴漿菌(Mycoplasma felis)
黴漿菌(Mycoplasma)是最小的活體微生物，革蘭氏陰性菌，喜好寄生於黏膜組織，對青黴素、頭孢類抗生素具有抗藥性，在低溫，如4℃及以下可以存活一周以上的時間，相較於其他細菌而言，不好培養(Cohn, 2011)。貓黴漿菌(Mycoplasma feli)是貓呼吸道常駐菌群之一，但在小貓、或是多貓家庭及收容所等群貓居住場所，貓黴漿菌被認為是造成貓眼科及呼吸系統疾病的一個重要病原。研究發現，在有上呼吸道感染、支氣管肺炎以及呼吸衰竭的貓當中，有一定比例的貓黴漿菌被檢測出來，可能為造成貓上呼吸道疾病的原發病原，或是在貓隻呼吸道已經受到病毒或細菌感染後的二次致病菌(Cohn, 2011; Greene, 2012)。其也是下呼吸道重要病原，會造成全身性的症狀，例如食慾不振或厭食、體重減輕、嗜睡和高熱(Robin et al., 2024)。Mycoplasma felis的治療多以Doxycycline為第一線用藥(Cohn, 2011)，但因易併發二次感染，故必須要進行鑑別診斷，以避免因其他病原菌造成更嚴重的呼吸道疾病。
支氣管炎博德特氏桿菌(Bordetella bronchiseptica)
支氣管炎博德特氏桿菌是人畜共通傳染病 原之一。其為好氧的革蘭氏陰性球桿菌，在貓是主要的二次感染病原，在多種病原合併感染的時候臨床症狀最為嚴重，出現打噴嚏、咳嗽、眼鼻分泌物等臨床症狀，嚴重時會發熱、發紺、甚至出現支氣管肺炎而死亡，但研究發現此病原也可以單獨造成貓隻上呼吸道疾病(Greene, 2012)。在群貓居住場所以及比較緊迫、壓力較大的環境中，貓隻較容易感染支氣管炎博德特氏桿菌，此外，與帶有支氣管炎博德特氏桿菌病原犬接觸也可能成為貓隻感染的來源(Greene, 2012)。診斷結果需要結合臨床症狀一起判讀，四環黴素為建議的治療抗生素(Egberink et al., 2009)。感染病原確診有其必要，能針對性的治療細菌的二次感染，避免造成肺炎等更嚴重的疾病。
獸疫鏈球菌(Streptococcus equi subsp. zooepidemicus)
過去十年來年，獸疫鏈球菌已成為貓呼吸道疾病的新興病原，在貓的重要性日益凸顯。在美國於貓聚集環境的大規模調查發現，其與貓黴漿菌和貓卡里西病毒並列為最常見的呼吸道病原體之一(Polak et al., 2014)。此外，最近的臨床研究建議，當貓感染貓傳染性腹膜炎並伴有呼吸窘迫時，獸醫師應考慮繼發性獸疫鏈球菌感染的可能性(Wasissa et al., 2021)。更值得關注的是，已有病例記錄顯示，獸疫鏈球菌可從有症狀的貓傳播給人類(Dolapsakis et al., 2023)。相較於前面提到的黴漿菌或披衣菌，它對人類的致病威脅通常更為嚴重。貓的治療以盤林西林類為首選，但仍建議依培養與藥敏結果作選擇(Frymus et al., 2015)。
犬鏈球菌(Streptococcus cani)
犬鏈球菌(Streptococcus canis，SC)是另一種β溶血性鏈球菌，在患有慢性上呼吸道感染的貓的鼻腔培養物中檢出率高達10%，亦會感染人類。值得注意的是，這種病原體與美國貓收容所內發生的致命疫情有關(Pesavento et al., 2007)。受感染的貓通常會表現出多種化膿性綜合症，最顯著的是急性鼻炎，其特徵是大量膿性鼻分泌物(Morrow et al., 2016)。治療以盤林西林類為首選，臨床上應先以首選藥物作經驗性治療，並在獲得藥敏報告後作調整，以提升治療效果並降低耐藥風險(Stefanska et al., 2022; Vercelli et al., 2021)。
黴菌類：
麴黴菌(Aspergillus spp.)
貓的麴黴菌感染多因汙染的環境，通常導致慢性鼻腔、鼻竇或眼眶的定殖性感染，甚至有組織侵襲性。貓兒會出現打噴嚏、單側或是雙側的漿液水性至黏液膿性鼻涕，有時會出現鼻出血的症狀；甚至是呼吸音異常、肉芽腫形成等(Hartmann et al., 2013)。麴黴菌也可引起上呼吸道和下呼吸道的過敏，包括過敏性真菌性鼻竇炎與過敏性支氣管肺麴菌病和(Barac et al., 2018)，引起過敏性鼻炎與氣喘等呼吸道症狀。在人上呼吸道的過敏會有黃綠色黏稠鼻涕，在下呼吸道則會咳出深色的黏稠痰液(Glass et al., 2011; Mochizuki et al., 2019)。麴黴菌治療上，目前以三唑類(conazoles)抗黴菌藥為主，過敏者還會合併類固醇作治療(Barrs et al., 2024; Mochizuki et al., 2019)。黴菌診斷的檢體來源可以是鼻腔拭子、鼻腔沖洗液、支氣管肺泡沖洗液(Bronchoalveolar Lavage, BAL)、氣管沖洗液；對於侵襲性的麴黴菌，也可以採內視鏡生檢組織送驗。
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